FishBase est un système d'information qui gère des données clés sur la biologie de tous les poissons au moins en est-ce le but avoué. Comme une encyclopédie, FishBase contient différentes informations pour différents publics. Par exemple, les gestionnaires des pêches se plongeront dans la plus grande compilation existante des données sur la dynamique des populations ; les professeurs et les étudiants trouveront de nombreux graphiques illustrant les concepts de base de la biologie des poissons ; les taxinomistes apprécieront d'accéder au Catalog of Fishes d'Eschmeyer (1998) sous forme de bases de données ; les responsables de la conservation se serviront des listes des poissons menacés par pays (IUCN 1996) ; les législateurs pourront s'intéresser à la liste chronologique annotée des introductions dans leur pays ; les chercheurs scientifiques, aussi bien que les bailleurs de fonds, la trouveront utile pour obtenir rapidement une vue d'ensemble des données connues et inconnues sur une espèce donnée ; les zoologistes et les physiologistes auront à leur disposition les compilations actuelles les plus importantes sur la morphologie, le métabolisme, la superficie des branchies, la taille du cerveau, les pigments des yeux, ou la vitesse de nage ; les écologistes utiliseront également les données sur le régime alimentaire, le niveau trophique, la consommation de nourriture et les prédateurs comme données initiales de leurs modèles d'écosystèmes ; les aquaculteurs trouveront des bases de données utilitaires sur les caractères génétiques et les expériences d'élevage, aussi bien que les prémices d'un registre global des souches génétiques ; les généticiens trouveront la plus grande compilation de fréquences alléliques ; les industriels de la pêche trouveront des données sur l'analyse de composition, ainsi que des recommandations de procédés de traitement pour nombre d'espèces marines ; les pêcheurs à la ligne apprécieront la liste des poissons de pêche sportive par pays (IGFA 1994) ; et les universitaires qui s'intéressent au savoir traditionnel trouveront plus de 89 000 noms communs répertoriés selon la langue et la culture dans lesquelles ils sont utilisés, ainsi que des commentaires sur leur étymologie. Les plongeurs, les pêcheurs à la ligne, les aquariologistes et les chercheurs pourront créer leurs bases de données personnelles ou institutionnelles pour mémoriser où et quand ils ont vu, capturé, ou acheté telle espèce de poisson. Les gestionnaires de la biodiversité pourront créer des bases de données nationales sur la biodiversité des poissons pour suivre l'évolution des règlements et des usages locaux. Les anthropologues pourront créer une base de données sur le savoir traditionnel sur les poissons.
Ces informations sont accessibles grâce à une interface ergonomique sur tout ordinateur personnel qui dispose d'un lecteur de CD-ROM et qui fonctionnent sous Microsoft Windows NT, 95 et ultérieurs.
Les chapitres suivants présentent les concepts sous-jacents à FishBase, les sources des données et des indications supplémentaires sur la manière d'utiliser FishBase.
FishBase a été développée par le Centre International de Gestion des Ressources Aquatiques Vivantes (ICLARM), en collaboration avec l'Organisation des Nations-Unies pour l'Alimentation et l'Agriculture (FAO) et de nombreux autres partenaires. FishBase a été financée par des subventions successives de la Commission Européenne et de l'ICLARM.
Références
Eschmeyer, W.N., Éditeur. 1998. Catalog of fishes. Special Publication, California Academy of Sciences, San Francisco. 3 vols. 2905 p.
IGFA. 1994. IGFA world records. International Game Fish Association, Pompano Beach, Florida. 40 p.
IUCN. 1996. 1996 IUCN red list of threatened animals. IUCN, Gland, Switzerland.
Les deux objectifs principaux de FishBase 99 étaient de préparer une version de FishBase en français et de dépasser les 23 000 espèces traitées. Ces deux objectifs ont été atteints.
Les améliorations et les fonctionnalités supplémentaires de FishBase 99 sont :
Référence
Eschmeyer, W.N., Éditeur. 1998. Catalog of fishes. Special Publication, California Academy of Sciences, San Francisco. 3 vols. 2905 p.
Avec près de 25 000 espèces connues, les poissons constituent le groupe le plus important et le plus diversifié des Vertébrés. La saisie des informations-clés (taxinomie, biologie et usages humains) pour toutes ces espèces est une tâche énorme et FishBase n'est pas encore complète. Nous avons donc pensé qu'il était juste d'établir une liste de ce que vous ne trouverez pas (encore) dans FishBase :
Cependant, avec l'aide de nos nombreux collaborateurs, nous prévoyons raisonnablement d'accomplir les tâches précitées pour l'an 2 000. Reportez-vous au chapitre Comment devenir un Collaborateur de FishBase et pourquoi ? si vous voulez nous rejoindre dans cet effort.
Rainer Froese
Au sein de la Recherche Agricole Internationale, FishBase joue deux rôles majeurs plus spécifiquement dans la recherche piscicole. D'une part, elle aide les responsables nationaux à mieux comprendre et à mieux gérer leurs ressources halieutiques nationales, à la fois en termes de conservation de la biodiversité et d'exploitation durable, en leur fournissant toutes les informations concernant leurs espèces qui sont disponibles dans la littérature internationale. D'autre part, FishBase documente les caractères-clés du patrimoine génétique des poissons et suit les évolutions de leur répartition géographique et de leur statut de protection, à l'instar de la base de données sur les variétés de riz maintenue par l'Institut International de la Recherche sur le Riz (IRRI) et sur les activités de l'Institut International des Ressources Phytogénétiques (IPGRI). Dans la version actuelle de FishBase, nous avons essayé d'inclure tous les poissons qui sont importants pour l'homme ou qui sont affectés par ses activités. Bien que FishBase contienne déjà toutes les espèces de quelques grandes régions telles que l'Afrique, l'Europe, la Russie, l'Inde, l'Amérique du Nord et l'Atlantique Nord, ces espèces n'ont cependant pas été assignées à leurs écosystèmes et par conséquent, l'utilisation actuelle de FishBase pour les études sur la biodiversité est limitée. Il est prévu de combler cette lacune, bien que cette tâche puisse prendre quelques années de plus pour être achevée (voir ci-dessus, ainsi que Froese et Pauly 1994 ; Froese et Palomares 1995 ; Froese 1996).
Références
Froese, R. 1996. A data-rich approach to assess biodiversity, p. 127-132. In J.A. McNeely et S. Somchevita (éds.) Biodiversity in Asia : challenges and opportunities for the scientific community. Office of Environmental Policy and Planning, Ministry of Science, Technology and Environment, Bangkok, Thailand.
Froese, R. et D. Pauly. 1994. A strategy and a structure for a database on aquatic biodiversity, p. 209-220. In J.-L. Wu, Y. Hu et E.F. Westrum, Jr. (éds.) Data sources in Asian-Oceanic countries. DSAO, Taipei ; CODATA, Paris.
Froese, R. et M.L.D. Palomares. 1995. FishBase as part of an Oceania biodiversity information system, p. 341-348. In J.E. Maragos, M.N.A. Peterson, L.G. Eldredge, J.E. Bardach et H.F. Takeuchi (éds.) Marine and coastal biodiversity in the tropical island Pacific region. Vol. 1. East-West Center, Honolulu, Hawaii.
Au cours des dernières années, nombre de collègues qui appréciaient FishBase, mais sans être familiers ni de sa structure ni de son contenu, nous ont demandé pourquoi nous ne l'employions pas pour traiter d'autres groupes, les mollusques ou les crustacés par exemple.
L'utilisateur averti de FishBase remarquera cependant que « traiter d'autres groupes que les poissons » est plus « facile à dire qu'à faire ». Que FishBase puisse gérer sous une forme aussi compacte autant d'informations sur les poissons, provient de sa conception spécifique à ce groupe. Ainsi, les tables qui décrivent la morphologie des formes larvaires et des adultes ne peuvent gérer que des informations sur les poissons, et seraient peu appropriées pour la description des crustacés. Nombre d'autres tables contiennent aussi des champs qui sont spécifiques aux poissons, tels que les types de longueur.
La duplication de telles tables (soit un ensemble spécial pour chaque groupe principal) conduirait à une base de données extrêmement difficile à gérer, avec nombre de tables et de champs vides pour la plupart des espèces. À l'inverse, on pourrait concevoir une base de données réduite aux seules tables communes à tous les groupes (par exemple la nomenclature, la répartition géographique, etc.). Le résultat serait une base de données similaire à SPECIESDAB de la FAO (Coppola et al. 1994 ; voir ci-dessous) qui est destinée à traiter tous les groupes aquatiques d'importance commerciale, et que FishBase n'aurait aucun intérêt à reproduire.
D'un point de vue plus déterminant, nous pensons que traiter des groupes importants tels que les poissons ou les crustacés exige une très bonne connaissance du groupe, de sa bibliographie et de ses spécialistes, ce qu'une équipe de recherche unique ne peut facilement réaliser pour plus d'un seul groupe.
Par conséquent, nous encourageons les autres collègues spécialistes à concevoir une base de données semblable à FishBase pour leur propre groupe. Ils sont invités à contacter l'équipe FishBase pour identifier les tables et les procédures disponibles qui pourraient être réutilisées pour de telles bases de données et pour des propositions de collaboration.
Références
Coppola, S.R., W. Fischer, L. Garibaldi, N. Scialabba et K.E. Carpenter. 1994. SPECIESDAB : Global species database for fishery purposes. User's manual. FAO Computerized Information Series (Fisheries). No. 9. FAO, Rome. 103 p.
Daniel Pauly
L'ichtyologie, généralement définie comme « l'étude des poissons » ou « cette branche de la zoologie qui traite des poissons », a une longue histoire bien documentée, qui remonte à des milliers dannées, dès les anciens Égyptiens, Indiens, Chinois, Grecs et Romains (Cuvier 1828).
Cet intérêt durable et soutenu pour les poissons est dû à leur double rôle d'habitants hautement diversifiés d'un monde fascinant bien qu'étrange, et de composants de l'alimentation humaine. Ainsi se sont accumulées au cours des siècles des informations extrêmement hétérogènes, principalement d'ordre taxinomique, mais faisant aussi référence à la zoogéographie, au comportement, au régime alimentaire, aux prédateurs, aux tolérances environnementales, etc.
Cette masse monumentale d'informations, contenue dans une littérature largement dispersée, a contraint les ichtyologistes à se spécialiser graduellement. Ainsi, les travaux ont une portée soit taxinomique large mais à thématique très spécialisée (le Catalog of the Genera of recent Fishes d'Eschmeyer, 1990, ou le Frogfishes of the World de Pietsch et Grobecker, 1987, pour ne citer que deux exemples remarquables), soit taxinomique restreinte mais abordant tous les domaines de la biologie du taxon étudié (par exemple, le travail nord-européen sur la morue et le travail canadien sur le saumon du Pacifique, ces deux espèces ayant servi de paradigme dans de nombreux manuels halieutiques). FishBase, telle qu'elle est présentée dans ce chapitre et dans la suite de ce manuel avec plus de détails, est une tentative pour présenter des informations-clés sur les poissons du monde entier (tous les poissons in fine), de manière à élargir sa portée tant du point de vue taxinomique que thématique.
La version actuelle de FishBase contient des informations sur tous les poissons importants d'un point de vue commercial ou autre. Elle traite plus de 23 000 espèces soit environ 90% des espèces existantes) et concerne une grande variété d'utilisateurs potentiels, des gestionnaires halieutiques aux professeurs de biologie. Les caractéristiques de FishBase qui permettent de satisfaire une telle gamme de besoins résultent de son architecture qui s'appuie sur une utilisation avancée des techniques modernes des bases de données relationnelles.
Les autres caractéristiques de FishBase sont :
Pour les enseignants et les formateurs en biologie aquatique et en ichtyologie, l'utilisation de FishBase couvrira leurs besoins des travaux pratiques aux questions théoriques :
Un cycle de cours en ichtyologie pourrait être structuré autour de FishBase, comme l'illustrent les exemples ci-dessous :
Dans le contexte de l'enseignement supérieur, FishBase peut servir à proposer des sujets de mémoires de maîtrise ou de DEA comportant un thème d'ichtyologie qui n'est pas encore traité dans FishBase, ou de façon non satisfaisante. Ces mémoires aboutiraient à la réalisation d'un schéma conceptuel, et après saisie des informations dans la(les) table(s) ainsi définie(s), les données seraient analysées de façon comparative.
Deux mémoires de ce type, un sur les larves de poissons méditerranéens, et un autre sur les maladies des poissons (Achenbach 1990) ont été dirigés par R. Froese sous couvert des directeurs de stage des candidats.
Nous apprécierions d'être informé de projets similaires qui permettraient d'ajouter de nouvelles tables aux versions futures de FishBase.
Références
Achenbach, I. 1990. Aufbau und Entwicklung eines rechnergestützten Informationssystems zur Identifikation von Fischkrankheiten. Christian-Albrechts-Universität, Kiel. MS thesis. 58 p.
Cuvier, G. 1828. Tableau historique des progrès de l'Ichtyologie, depuis son origine jusqu'à nos jours. In : Cuvier et Valenciennes, Histoire naturelle des Poissons. Tome I. pp. 1-270. Paris, Strasbourg : Levrault.
Eschmeyer, W.N. 1990. Catalog of the genera of recent fishes. California Academy of Sciences, San Francisco. 697 p.
Eschmeyer, W.N., Éditeur. 1998. Catalog of fishes. Special Publication, California Academy of Sciences, San Francisco. 3 vols. 2905 p.
Nelson, J.S. 1994. Fishes of the world. 3rd edition. John Wiley and Sons, New York. 600 p.
Pietsch, T.W. et D.B. Grobecker. 1987. Frogfishes of the world. Stanford University Press, Stanford, California. 420 p.
Daniel Pauly
Découvrir les poissons devrait être un jeu pensons-nous. Par conséquent, nous avons conçu un jeu-questionnaire simple (Fish Quiz) sur les poissons qui aidera à développer votre regard pour les reconnaître, au moins au niveau de l'ordre ou de la famille.
Au début, le questionnaire demande si vous voulez tester votre aptitude avec les pictogrammes des familles, avec les illustrations des adultes ou avec celles des larves. Il crée alors une liste aléatoire d'illustrations, et affiche la première en offrant trois choix multiples pour la classe, l'ordre et la famille (et l'espèce si vous avez sélectionné cette option). Nous avons conservé à ce jeu sa simplicité, et avons résisté à la tentation d'ajouter une limite de temps ou une liste des meilleurs scores.
Les améliorations que nous avons apportées récemment vous permettent de sélectionner un pays et un habitat, c'est-à-dire que vous serez capable de vous entraîner à reconnaître les poissons marins des îles Hawaï par exemple. Assurément, le jeu s'améliorera toutes les fois qu'il nous sera permis d'ajouter plus de photographies.
Nous avons étendu ce scénario aux illustrations de larves pour les collègues qui travaillent sur l'ichtyoplancton. D'autres idées de jeux : une adaptation du célèbre cochon pendu où vous devez trouver les lettres du nom d'un poisson qui vous est présenté en photographie avant d'être dévoré par un requin (au lieu d'être pendu) ; un générateur automatique de mots-croisés, où, par exemple, vous devez trouver les noms scientifiques à partir des noms communs ; et un jeu où des noms communs de poissons sont à découvrir dans un tableau complété avec des lettres aléatoires. Malheureusement, nous n'avons pas encore trouvé le temps de les réaliser. Si vous êtes programmeur, et que vous souhaitez nous aider, n'hésitez pas à nous contacter.
Cliquer sur le bouton Fish Quiz dans la fenêtre MAIN MENU. Vous pouvez aussi utiliser la version indépendante de Fish Quiz sur le CD-ROM des illustrations.
Le meilleur affichage des photographies numérisées s'obtient avec un écran configuré pour 65 000 couleurs (il reste acceptable avec 256 couleurs mais pas avec 16).
Rainer Froese et Portia Bonilla
L'oeuvre visionnaire de Walter Fischer (FAO) est un des travaux prédécesseurs de FishBase, lui qui a poussé maints spécialistes partout dans le monde à collaborer pour la réalisation du premier ensemble de Fiches d'Identification de la FAO (Fischer 1973) et de ses nombreux successeurs, et à publier la série extrêmement utile des FAO Species Synopses et des FAO Species Catalogues (Fischer 1976), sous les auspices du Programme de la FAO Species Identification and Data Programme. Walter Fischer a aussi perçu le besoin d'une base de données globale regroupant les informations fondamentales sur les poissons et les invertébrés exploités à travers le monde, et ceci a conduit au développement de la base de données SPECIESDAB de la FAO (Coppola et al. 1994, voir ci-dessous). Daniel Pauly avait suivi ces développements avec grand intérêt : depuis son séjour en Indonésie en 1975/1976, il avait été un utilisateur assidu des productions de la FAO, et connaissait leur valeur, particulièrement pour le travail sous les tropiques. Il avait rassemblé la plupart des données de dynamique de population alors disponibles pour les poissons sous forme de fiches. Inspiré par la clairvoyance de Walter Fischer, il a suggéré en 1987 que ces données devraient être transférées dans une base standardisée et constamment mise à jour, aux fins de ses propres recherches, et pour les rendre accessibles à d'autres par le biais de ce qui était alors connu comme l'ICLARM Software Project.
Il en a discuté avec Rainer Froese, alors à l'Institut für Meereskunde (Kiel, Allemagne), qui explorait à des fins d'identification, les capacités des ordinateurs et des systèmes vidéo en général, et de l'intelligence artificielle (IA) en particulier, et venait de mettre au point un système expert pour l'identification des larves de poisson (Froese et Schöfer 1987 ; Froese 1988, 1989, 1990 ; Froese et al. 1989, 1990a, 1990b ; Froese et Papasissi 1990). L'idée de FishBase devait être proposée la première fois en 1988 par Daniel Pauly dans le cadre du plan quinquennal de l'ICLARM (ICLARM 1988), selon le champ d'actions déjà important ci-dessous :
« Les lacunes [aujourd'hui handicapantes] dans les connaissances des pêcheries tropicales ne peuvent pas être comblées par la [seule] mise en oeuvre des moyens classiques comme la maintenance des bibliothèques aussi bien fournies soient-elles, les prêts inter-bibliothèques, et les échanges de données électroniques. Au contraire, il est plutôt prévisible que la diminution des fonds pour ces moyens classiques deviendra de plus en plus problématique, et accentuera l'isolement des scientifiques qui étudient les ressources tropicales de la mouvance de leur discipline et de son matériel de référence.
Il est proposé de pallier ce problème en développant et en implémentant une base de données autonome sur des micro-ordinateurs standard [...] qui fournirait les données-clés et les informations extraites de la littérature. Elle se substituerait amplement aux manuels sur l'évaluation des stocks. La base de données constituerait un système expert (un système d'information ressortissant à l'intelligence artificielle dont les commandes et les requêtes peuvent être formulées en langage naturel simple).
Ces faits et ces informations incluront des clés didentification des espèces, et pour chaque espèce, des données morphométriques, des paramètres de croissance et de mortalité, et un résumé des données biologiques. Initialement, des données sur les 200 espèces les plus importantes seront fournies sur disquettes, pour un objectif final de 2 500 espèces. »
Rainer Froese a alors essayé d'implémenter ce système en PROLOG, un des langages de programmation de l'IA. Cependant, quand il s'est rendu compte que cela entraînerait peut-être la gestion de plus de 1 000 variables au niveau du code-source, il a abandonné cette option et a plutôt comparé les bases de données relationnelles disponibles à l'époque (dBase, FoxBase, Clipper, Paradox, Oracle, Btrieve, Ingres). Il a constaté que ces bases de données, soit se révélaient limitées, soit nécessitaient une importante programmation, soit ne pouvaient pas être redistribuées sans redevances, soit n'étaient pas conçues pour des micro-ordinateurs. C'est par hasard qu'il a découvert DataEase, un logiciel de base de données peu connu qui combinait la puissance relationnelle avec une exceptionnelle facilité d'utilisation.
Quand Rainer Froese fut invité par Daniel Pauly à l'ICLARM fin 1988, il a apporté la structure implémentée sous DataEase de ce qui allait devenir FishBase. Cette structure a été affinée, table par table, champ par champ, au cours d'une série de réunions avec les scientifiques de l'ICLARM, Daniel Pauly, Roger Pullin, Ambekar Eknath, Astrid Jarre, et Maria Lourdes D. Palomares. De plus, les programmeurs de l'ICLARM, Felimon Gayanilo Jr. et Mina L. Soriano ont revu la structure de la base de données d'un oeil critique, et après de longues discussions, ont reconnu que :
Finalement, en décembre 1988, un ordinateur avait été acheté (le premier 80386 de l'ICLARM) et la saisie des données entamée par les assistantes de recherche Susan Luna et Belen Acosta, affectées à mi-temps au projet.
En janvier 1989, Daniel Pauly et Rainer Froese se rendaient au siège de la FAO à Rome pour coordonner les efforts entre FishBase et SPECIESDAB (Coppola et al. 1994), une base de données conçue par Walter Fischer (voir ci-dessus), implémentée sous dBase par Rino Coppola, et compilée par Nadia Scialabba. SPECIESDAB contient les noms scientifiques et vernaculaires des espèces traitées dans les FAO Species Catalogues, ainsi que des données élémentaires, écologiques et halieutiques. Le travail sur SPECIESDAB avait commencé en 1986 et couvrait déjà tous les catalogues publiés jusque là. Cette visite a abouti le 15 novembre 1989 à la signature d'une convention entre l'ICLARM et la FAO. Elle stipule que l'ICLARM et la FAO collaboreraient pour le développement de FishBase et seraient tous les deux habilités à la distribuer. Cet accord constituait un solide départ pour FishBase et a probablement contribué à obtenir le premier financement.
Suite à une initiative de Rainer Froese, la Commission Européenne attribuait en octobre 1989 une première subvention au projet qui a permis :
- l'embauche d'une assistante de recherche
supplémentaire (Crispina Binohlan) pour la saisie des données
(Susan M. Luna était affecté temps plein au projet tandis que
Belen Acosta reprenait ses tâches antérieures) ;
- l'achat du matériel informatique (le premier réseau
local de l'ICLARM) ; et
- un autre déplacement de Rainer Froese à l'ICLARM en
décembre 1989, pour superviser la saisie des données et pour
rédiger un projet plus conséquent pour obtenir un budget de la
Commission Européenne. Ce financement fut attribué, et en
septembre 1990, FishBase démarrait comme l'un des principaux
projets de l'ICLARM sous la direction de Daniel Pauly, avec
Rainer Froese comme responsable du projet.
Peu après le début de la saisie des données à plein temps, il était devenu évident que la distinction entre les poissons commerciaux et les autres était arbitraire, et l'objectif initial de 2 500 espèces fournies sur des disquettes (voir ci-dessus) a été changé pour inclure toutes les espèces de poissons en utilisant le CD-ROM comme moyen de diffusion.
Gabriella Bianchi, qui avait travaillé pour le Species Identification Programme de la FAO, et conduit et publié plusieurs travaux sur les poissons tropicaux, est restée avec l'équipe FishBase pendant deux semaines en août 1992. Elle a alors souligné le problème des synonymes extraits de références anciennes ; elle a aussi examiné la table MORPHOLOGY qui a été modifiée selon ses suggestions. D'une façon générale, elle concluait que « la base de données apparaissait bien structurée, facile à utiliser et à comprendre. Cependant, pour nombre des 6 000 espèces déjà documentées, les informations restaient limitées. »
FishBase fut l'objet d'une seconde revue par Kent Carpenter, partenaire du projet pour la FAO. Il a passé deux semaines (23 juin - 8 juillet 1993) avec l'équipe FishBase, et a révisé d'un oeil critique les informations que nous avions saisies sur les deux familles dont il est le spécialiste mondial, les Caesionidae et les Lethrinidae. Il a mis en évidence que nous n'avions aucun mécanisme en place pour assurer que les informations et la nomenclature extraites des sources primaires (par exemple, des révisions de familles faites par les spécialistes mondiaux, tels que les auteurs des FAO Species Catalogues), avaient toujours priorité sur les autres sources et n'étaient pas changées autrement que suivant l'avis des spécialistes. Cette critique concernait surtout les informations extraites de sources secondaires , principalement des catalogues préparés par les services des pêches, des études faunistiques anciennes basées sur une taxinomie insuffisante (car non disponible à l'époque) ou ayant substantiellement évolué depuis, et les études faunistiques réalisées par des non-experts.
Nous avons accepté cette critique et entamé une réflexion pour obtenir le niveau de qualité requis. Le Projet a fourni un effort pour tenir compte des révisions les plus récentes pour le plus de familles possible afin de mettre à jour les tables SPECIES, SYNONYMS, STOCKS, COUNTRY et MORPHOLOGY. Les espèces et les familles qui ont été mises à jour d'après ces révisions ont été repérées, pour avertir les encodeurs et les utilisateurs de leur statut particulier. Les espèces documentées d'après d'autres sources sont aussi repérées en tant que telles. Elles seront progressivement mises à jour.
Différents types d'informations sont disponibles sur les poissons concernant leur biologie, leur répartition, etc., car ils occupent une place importante dans les sociétés humaines mais pour différentes raisons. Après trois années de travail, nous avons constaté que nous avions commencé plus de mini-projets (sous forme de tables) que nous pourrions en finir pour traiter ces informations diverses. Les 9 et 10 septembre 1993, l'équipe FishBase se ressourçait alors au bord de la plage d'Anilao, Batangas (sud de Manille) pour faire le point. Au terme de ces deux journées, nous avons identifié le nécessaire et planifié le futur en évaluant ce que chaque membre de l'équipe pouvait raisonnablement achever en une année avant la première parution de FishBase. Plusieurs tables ont été abandonnées ou mises en attente (AQUARIUM, BREEDSYS, COMPETITORS, ECOREF, ECOSYSTEM, EGGNURS, FRYNURS, GAZETTEER, LARVNURS, MUSEDAT, SHARKMORPH), d'autres ont été maintenues mais avec moins d'ambitions (DISEASES, DISREF, OXYGEN, SPEED, OCCURRENCES, GILL AREA, EGGDEV, VISION). Rétrospectivement, cet atelier nous a permis de ne dépasser que de deux semaines la date prévue de la première parution de FishBase sur CD-ROM (septembre 1994), au moins en ce qui concerne la validation des données.
Durant ces premières années, des versions préliminaires de FishBase ont été installées dans de nombreux instituts de recherche du monde entier. Cependant, la procédure d'installation a aussi montré les limitations du logiciel DataEase pour réaliser un produit exempt de royalties.
Le module exécutable de DataEase était difficile à créer et limité dans ses fonctionnalités. Un module légèrement amélioré aurait coûté deux fois plus en royalties par utilisateur que la version actuelle sur CD-ROM. De plus, en septembre 1994, aucune version de DataEase n'était encore prévue pour CD-ROM. Comme l'environnement Windows s'imposait sur le marché des PC, nous avons décidé d'utiliser ce nouveau standard pour FishBase. Vers le milieu de l'année 1993, nous avons revu tous les SGBD disponibles sous Windows (Microsoft Access, Paradoxe, Foxpro, et SuperBase) et décidé d'employer Microsoft Access, principalement parce que nous avions l'impression que ce serait celui requérant le moins de programmation. Portia Bonilla, notre programmatrice, commençait donc à recréer les nombreuses tables et procédures de FishBase sous Microsoft Access dès décembre 1993, mais ce n'est pas avant septembre 1994, soit quelques semaines avant la première parution, que nous avons été suffisamment confiants pour transférer définitivement toutes les données sous Microsoft Access (voir FishBase et Access , ce volume).
Le programme de l'ICLARM Coastal and Coral Reef Resource Systems Program (CCRRSP) dont FishBase était le projet le plus important était analysé par deux évaluateurs externes, T.J. Pitcher et J.J. Polovina. Ils ont jugé FishBase comme suit : « La portée du travail est vaste. Ce sera un outil puissant, et nous agréons le transfert sous Access pour rendre les recherches plus souples. Il faudrait avertir que la première parution peut avoir des erreurs et solliciter explicitement des révisions. »
Une des premières hypothèses de travail du projet prévoyait que la technologie des micro-ordinateurs se développerait assez vite, notamment les mémoires de masse, pour stocker d'énormes quantités de données au moment de la distribution de FishBase. Cette hypothèse se confirmait et en août 1994, nous pouvions acheter un graveur de CD-ROM de la première-génération, un disque dur de 1 Go et un ensemble d'enregistrement multimédia, le tout pour 8 000 US$. En septembre 1994, nous gravions le premier CD-ROM de l'ICLARM (une démonstration de FishBase) et en décembre 1994, nous commencions la production interne sur CD-ROM de FishBase dans son entier avec plusieurs autres logiciels de l'ICLARM.
Graver des CD-ROM à usage interne est une chose, produire en masse 100 à 1 000 copies en est une autre. Les commandes pour FishBase dépassent rapidement nos capacités de production et nous avons dû chercher d'autres solutions. À l'époque, un seul producteur commercial de CD existait aux Philippines, mais malheureusement sans expérience de production de CD-ROM. Un autre effort considérable a dû être fourni pour régler toute une série de problèmes ennuyeux jusqu'à ce que le 6 avril 1995, nous recevions un paquet de 130 copies de ce que nous avons appelé FishBase 100, la première version de production de masse de FishBase distribuée aux collaborateurs et vendue aux quelques premiers acheteurs. Ainsi, après 5 années de travail, nous avions fait d'une idée un produit.
En septembre 1995, nous avons produit 1 000 copies de FishBase 1.2 largement distribuées, qui ont permis de porter le nombre de collaborateurs à 160, et le nombre de destinataires à 400. Une analyse de ces premiers destinataires a établi la répartition suivante : universités 36 %, gouvernements 14 %, secteur privé 14 %, centres de recherche internationaux 8 %, muséums 7 %, individus 6 %, organisations non-gouvernementales 5 %, bibliothèques 4 %, Nations-Unies et ses organisations spécialisées 4 %, et donateurs 3 % (Cf. Fig. 1 les utilisateurs de FishBase 98). Ainsi, bien que FishBase ait atteint l'ordre de grandeur prévu en nombre d'utilisateurs, le groupe cible, les services des pêches gouvernementaux, était sous-représenté. Cette analyse était confirmée par le fait que seulement 36% des destinataires étaient situés dans les pays en voie de développement. Il semblait alors que des mesures supplémentaires seraient nécessaires pour atteindre l'audience souhaitée (voir l'ACP Training Project ci-dessous).
Fig. 1. Les destinataires de FishBase 98 par institution. Environ 50% des destinataires sont situés dans les pays en voie de développement.
FishBase 1.2 a été analysée par McCall & May dans Nature (376 : 735, 31 août 1995 ; voir aussi Froese & Pauly 1995). Sous le titre More than a seafood platter (« Plus qu'un plateau de fruits de mer » ; jeu de mots intraduisible sur platter, qui signifie à la fois plat et disque), les auteurs concluaient : « En bref, FishBase regroupe et rend accessible une masse énorme d'informations sur les poissons et les pêcheries qui ont été enterrées dans la littérature grise constituée par les rapports dans les instituts halieutiques et services similaires. [...] Plus important peut-être, et certainement plus cher au coeur des auteurs, elle bénéficiera aux pays en voie de développement où le manque de bibliothèques complètes est souvent ressenti de façon aiguë. »
FishBase 1.2 a aussi été analysée favorablement par K. Matsuura (1995) dans Japanese Journal of Ichthyology (42(3/4) : 342-343). Cette analyse (en japonais) incitait fortement les biologistes japonais à collaborer à FishBase.
Du 1er au 10 octobre 1995, l'équipe FishBase a organisé un atelier conjoint (FAO-ICLARM-MSI-NORAD) consacré à la rédaction d'un guide d'identification FAO des ressources vivantes marines du Pacifique Centre-Ouest. Pendant cet atelier, 35 ichtyologistes taxinomistes de renom ont chacun passé au crible un jour entier les informations que nous avions rassemblées sur leurs familles respectives. L'équipe FishBase a noté tous leurs commentaires et suggestions, et nous avons marqué chaque enregistrement qu'ils avaient examiné comme vérifié par un expert. Ce contact rapproché nous a aidés à mieux comprendre le point de vue des taxinomistes et a consolidé notre appréciation sur ce que nous avions correctement réalisé ainsi que les défis qu'ils restaient à relever. De plus, de nouvelles sympathies et des collaborations durables y ont été nouées.
Une autre forme de reconnaissance est la contribution de FishBase au projet de la Species 2000 Federation (Bisby et Smith 1996) qui tente de regrouper des bases de données pour établir un index global de toutes les espèces d'organismes connues. L'ICLARM accueille maintenant la section de ce projet qui a pour tâche de produire le Species 2000 Annual Checklists sur CD-ROM, dont la première parution est prévue pour la fin de l'année 1999.
En juin 1996, nous avons produit 1 000 copies de FishBase 96. Le suffixe 96 a été choisi pour indiquer notre intention de produire des mises à jour annuelles de FishBase.
FishBase 96 était la première version complètement testée de FishBase, tout le mérite en revenant à Maria Lourdes D. Palomares qui a remarquablement bien organisé le processus de révision (voir Bogues, Données manquantes et Erreurs , ce volume). Cette version présentait une interface utilisateur considérablement améliorée, plus d'images et de meilleure qualité, les premiers graphiques (voir Graphiques dans FishBase , ce volume), la procédure d'identification rapide, et elle traitait 15 000 espèces.
FishBase 96 a atteint environ 1 000 utilisateurs, nous a acquis de nombreux collaborateurs, et a permis d'attirer des fonds de l'ACP-EU (voir ci-dessous) qui finance actuellement les améliorations futures et la distribution. Grâce aux contacts accrus pendant la préparation de ce projet, le nombre des utilisateurs dans les pays en voie de développement avait déjà augmenté, la proportion passant ainsi de 36% dans FishBase 1.2 à 47 %.
En avril 1996, le Program Committee du Conseil d'Administration de l'ICLARM a examiné le rôle de l'ICLARM dans le développement de la base de données. Il a constaté qu'un minimum 70 000-80 000 US$ était nécessaire par année pour l'entretien à long terme de bases de données telles que FishBase. Il recommandait un rôle durable de l'ICLARM dans le développement de la base de données.
Une analyse dans Aquaculture (Rowell 1997) se réjouit de la taille et de la portée de FishBase, mais déplore « les nombreuses lacunes et incohérences ». Elle s'appuie sur l'exemple du hareng, une espèce des mers tempérées qui est extraordinairement bien étudiée mais qui n'a pas reçu toute l'attention appropriée dans FishBase. Il était judicieusement remarqué que dans la table REFERENCES, le mot-clé élevages (farming systems) faisait double-emploi avec aquaculture (le premier a été enlevé depuis). Lanalyse conclut : « C'est une entreprise vraiment impressionnante qui, au fur et à mesure que les erreurs seront corrigées, deviendra un outil de plus en plus utile pour son audience cible ».
FishBase 96 a été analysée dans Journal of Fish Biology 50(3) : 684-685 par R.J. Wootton (1997). Il a critiqué la faible reliure du manuel FishBase 96 (ce qui était vrai comparé au présent volume) et le fait que pour les taxons qui nous sont familiers, les références d'importantes sources d'informations pourtant publiées ne sont pas encore saisies ». De plus, il signalait que « la méthode pour regrouper des informations de différentes tables pour créer des combinaisons nouvelles n'est pas transparente ». Le problème de l'information incomplète est discuté dans Bogues, Données manquantes, et Erreurs . Le grand nombre de nouvelles fenêtres dans les nouvelles versions de FishBase fournissant les données de base pour les nouveaux graphiques devrait avoir résolu, au moins partiellement, le dernier problème. L'analyse conclut : « Globalement, l'importance de cette base de données, si elle peut être développée progressivement, est incalculable ».
Une analyse dans Environmental Biology of Fishes 50 : 231-234 (Crawford 1997) notait les ambitieux objectifs du projet et évaluait le traitement de deux espèce tempérées des Grands Lacs du bassin du Saint-Laurent, qu'il trouvait « quelque peu léger ». Il suggérait de traiter les espèces par écosystème (ce que nous avons commencé, mais que de travail !) et d'ordonner les informations par phase du cycle de vie « (par exemple, embryon, larve si présente, juvénile, adulte, sénescent) », ce que nous faisons pour de nombreuses tables comme celles traitant du métabolisme ou de l'alimentation. Les avantages de rendre FishBase accessible via Internet étaient soulignés (nous y travaillons, voir http://www.fishbase.org). L'analyse conclut justement : « Si FishBase doit continuer sa route pour devenir une source utile de données sur tous les poissons du monde, la collaboration en deviendra la clé. »
Une analyse dans Reviews in Fish Biology and Fisheries 7(3) : 374-375 (Turner 1997) a critiqué le manque de photos de poissons d'eau douce, des problèmes avec les cartes, des erreurs sur le Lac Malawi, des catalogues incomplets, et le traitement irrégulier de la génétique. Il concluait que pour les poissons d'eau douce, dans les domaines de la biologie, des pêcheries continentales et de la conservation, de la biologie évolutionniste, et de l'écologie comportementale « beaucoup d'informations sont omises et celles qui sont présentées sont parsemées de bien plus d'erreurs que dans n'importe quel ouvrage de référence imprimé à l'usage des scientifiques que j'aie jamais vues ». Nous avons arrangé les erreurs reproductibles, et déplacé l'avertissement incomplet du pied de page vers l'en-tête des catalogues, et décidé de continuer néanmoins.
Une analyse dans New Zealand Journal of Marine and Freshwater Research 31 : 281-285 (Francis 1997) se réjouit de l'objectif de FishBase de fournir des informations-clés sur les poissons tropicaux. Elle constatait que les références n'avaient pas éte utilisées de façon cohérente, par exemple pour la création des catalogues des pays et des îles. Elle indiquait les limites de l'utilité de FishBase pour les pays tempérés tels que la Nouvelle-Zélande. Elle conclut que « c'est un bon produit qui devrait s'améliorer. [ ] Les scientifiques devraient songer à devenir des collaborateurs du projet et à l'aider à s'améliorer et à se développer ». Nous avons complété les listes d'inventaires mentionnées, amélioré les informations pour la Nouvelle-Zélande, et entamé une très fructueuse collaboration avec l'auteur.
Durant 2 jours en août 1996, l'équipe FishBase a tenu un atelier dans les installations de l'Institut international de recherches sur le riz (IRRI) à Los Baños. L'équipe a identifié les tâches à court terme à finaliser avant la parution de FishBase 97, ainsi que les buts à long terme à finaliser en 2 000. Parmi les décisions à court terme : développer une nouvelle approche pour compiler les données morphologiques (voir La table MORPHOLOGY , ce volume) ; disposer d'au moins un graphique par table ; avoir une page FishBase sur un site Web (voir http://www.fishbase.org) ; compléter la couverture de certaines régions (Japon, Micronésie, Papouasie-Nouvelle-Guinée, Afrique du Sud, Pacifique Central Est) ; et tester une nouvelle approche pour traiter les informations sur l'aquaculture (voir Profil d'Espèce d'Aquaculture ce volume).
Parmi les buts à long terme : traiter tous les poissons existants ; avoir au moins une illustration pour chaque espèce ; rendre FishBase accessible via Internet ; créer une interface totalement graphique pour les non-experts ; inclure des informations d'ordre morphologique sur toutes les espèces ; assigner tous les poissons à des écosystèmes ; inclure touts les signalisations de capture facilement disponibles ; développer un index géographique ( gazetteer >) pour les localités répertoriées dans les collections ; créer une table des Ichtyologistes Célèbres . À l'évidence, la plupart de ces objectifs à long terme ne peuvent être atteints qu'avec l'aide de collaborateurs. Ainsi, si vous travaillez déjà sur un des sujets ci-dessus, veuillez consulter le chapitre Comment Devenir un Collaborateur de FishBase et Pourquoi et réfléchissez à vous joindre à nos efforts.
En 1996, il était devenu clair que le réseau Internet et spécialement le système World Wide Web, s'imposerait et révolutionnerait la diffusion des informations. Rendre les informations-clés sur les poissons aussi largement disponibles que possible constitue la raison d'être fondamentale de FishBase ; la transférer sur le Web était donc une opération qui allait de soi. Cependant, alors qu'il était envisageable d'interroger quelques tables et d'afficher les résultats dans une page Web (comme l'a réalisé David Gee pour FishBase dans le contexte de Species 2000, voir http://ibs.uel.ac.uk/fishbase), recréer et tester des centaines de pages Web à partir des vues Access semblait être une tâche bien au-delà des capacités de l'équipe FishBase. Nous avons plutôt décidé d'attendre que Microsoft ou tout autre société crée des outils qui automatiserait le processus de transfert.
Dans le même temps, une page d'accueil FishBase était créée par Tom Froese et publiée sur le net en août 1996. Cet page d'accueil préliminaire (http://www.fishbase.org) présentait quelques généralités, quelques magnifiques photos de J.E. Randall, une présentation interactive visualisant des écrans originaux de FishBase, tout le glossaire (2 500 termes), et tout le manuel 96 (179 pages).
En mai 1997, John Falcon a rejoint l'équipe comme administrateur Web, pour mettre à jour et développer en permanence le site, et pour, éventuellement, rendre à terme FishBase entièrement accessible sur le Web. Le site est maintenant très élaboré, et les données sur l'identité des poissons (noms scientifiques et communs, photos) et les aspects essentiels de leur biologie (croissance, mortalité, reproduction, etc.) sont accessibles par l'Internet (voir http://www.fishbase.org). Ainsi, FishBase s'inscrit dans le cadre des nombreux sites ichtyologiques maintenant disponibles sur l'Internet, dont :
http://www.biology.ualberta.ca/jackson.hp/iwr/iwr.html
http://elmo.scu.edu.au/schools/rsm/asfb/lists.html
http://www.actwin.com/fish/lists.html
gopher://kaw.keil.ukans.edu :70/77/.indices/asih/acronym
http://www.calacademy.org/research/ichthyology
http://research.calacademy.org/ich/fishcatsearch.html
http://www.fishbase.org
http://phylogeny.arizona.edu/tree/eukaryotes/animals/chordata/craniata.html
http://www.mnhn.fr/sfi/
Dans le cadre du financement spécial que l'Union Européenne accorde aux pays associés de la zone ACP (Afrique, Caraïbes et Pacifique), l'ICLARM a signé en décembre 1996 un accord de projet avec la Commission de l'Union Européenne sur le Renforcement de la gestion des pêches et de la biodiversité dans les pays ACP . La durée du projet est de quatre ans, jusqu'en décembre 2 000. Le projet prévoit l'établissement de centres de formation régionaux dans les pays ACP, et la constitution progressive d'un réseau opérationnel de coopération régionale et trans-régionale, en utilisant les moyens de communication modernes (Vakily et al. 1997a, 1997b).
La formation se focalise sur le rôle que la biodiversité joue dans l'évaluation du statut des écosystèmes aquatiques. Une conséquence attendue de la formation est la réalisation progressive de bases de données nationales sur la biodiversité des poissons dans les pays ACP. À cette fin, FishBase servira à la fois comme source des informations existantes et comme outil de structuration de la collecte des données sur la biodiversité. Finalement, le projet contribuera à ce que les chercheurs halieutiques et les gestionnaires des pêches dans les pays ACP aient une conscience accrue de l'importance de conserver la biodiversité pour l'exploitation durable des ressources aquatiques.
En décembre 1996, Jan Michael Vakily a été recruté comme Coordonnateur de la Formation du Projet ACP, aidée par Grâce T. Pablico, assistante de recherche.
Pour guider et aider l'équipe FishBase dans la mise en oeuvre du Projet de Formation ACP (4,5 millions ECU), la commission de l'Union Européenne a proposé aux personnes suivantes d'être membres du Comité Permanent ACP : Dr. Cornelia Nauen, Belgium, Présidente ; Dr. Tim J. Adams, Nouvelle-Calédonie ; Dr. Eduardo Balguerias, Espagne ; Mr. Amadu Bailo Camara, Guinée-Bissau ; Dr. Boris Fabres, St. Vincent ; Prof. Guy Fontenelle, France ; Mr. Thomas W. Maembe, Tanzanie ; Dr. Jean Calvin Njock, Cameroon ; Dr. John Tarbit, Royaume-Uni (maintenant remplacé par Dr. Helge Paulsen, Danemark) ; et Dr. Ben van Zyl, Namibie.
La première réunion du Comité Permanent s'est tenue du 3 au 5 juin 1997 à Manille. Après un examen poussé d'une version préliminaire de FishBase 97, il concluait : « Le Comité Permanent a reconnu la qualité excellente du travail conduit jusque là par l'équipe. Cet effort a abouti à un produit extrêmement utile. » Il a approuvé la suite du projet pour traiter tous les poissons, les assigner à tous les pays et à tous les grands écosystèmes. Il a spécialement encouragé les efforts pour combiner FishBase et Ecopath (voir l'Encadré 19).
FishBase 97, publié en novembre 1997, traitait plus de 17 500 espèces, contenait plus d'images et de meilleure qualité, de nombreux catalogues révisés et annotés, plus de signalisations de capture augmentant ainsi la qualité des cartes de répartition, beaucoup plus de graphiques, une routine d'analyse de rendement par recrue applicable à plus de 1 000 espèces pour lesquelles nous disposons des paramètres de croissance, un outil pour comparer et analyser les paramètres de croissance (AUXIM), et plus de données pour plus d'espèces. À cause du nombre croissant d'illustrations (environ 12 000), FishBase est passée sur deux CD-ROMs, comme pour FishBase 98.
Le premier stage de formation régional FishBase a été organisé à Nouméa, Nouvelle-Calédonie, du 20 au 31 octobre 1997. Treize collègues de huit pays du Pacifique ont suivi ce stage. Le stage a couvert un large éventail des aspects de la conservation de la biodiversité et de la gestion des ressources halieutiques. En dépit de quelques problèmes techniques, les objectifs du stage ont été atteints et les stagiaires ont exprimé leur satisfaction sur le contenu et le déroulement du stage.
Un second stage a eu lieu à Port of Spain, Trinidad & Tobago, du 21 mai au 3 juin 1998. Quatorze pays antillais étaient représentés. Le stage a insisté sur la biodiversité régionale et sur l'analyse des statistiques de pêche grâce aux nouveaux graphiques analytiques disponibles dans une version bêta de FishBase 98. De plus, c'était une bonne occasion pour cerner les problèmes avant la parution de FishBase 98. La deuxième réunion du Comité Permanent ACP pour FishBase a eu lieu après le stage. L'équipe était félicitée pour les progrès réalisés jusque là. Un lien plus fort avec l'ensemble des programmes Ecopath était encouragé.
FishBase 98, publiée en automne 1998 traitait plus de 20 000 espèces, et contenait de nombreuses améliorations par rapport à FishBase 97. Nous nous abstenons de les décrire en détail, FishBase 99 étant pratiquement une version augmentée, traduite en français en ce qui concerne le manuel, de FishBase 98.
Au fil des années, l'équipe FishBase s'est agrandie pour intégrer une scientifique en post-doctorat (Maria Lourdes D. Palomares), des assistants de recherche supplémentaires (Armi Torres, Liza Agustin - remplacée plus tard par Christine Casal, Pascualita Sa-a, Emily Capuli, Rodolfo B. Reyes Jr., Cristina Garilao), un artiste (Roberto Cada - remplacé plus tard par Rachel Atanacio), une succession de programmeurs (Dominador Tioseco, Portia Bonilla, Alice Laborte, Ma. J. France Rius), et une secrétaire (Maria Teresa Cruz). Le projet a aussi disposé de contrats temporaires (deux années chacun) au Malawi (Département des Pêches : Emmanuel Kaunda, Dennis Tweddle), au Ghana (Institut de Biologie Aquatique (IAB), Mamaa Entsua-Mensah), aux Philippines (Université des Philippines, Institut des Sciences Marines (UP-MSI), Emily Capuli) et au Pérou (Universidad Nacional Agraria La Molina (UNALM), Jaime Mendo) pour s'assurer que FishBase satisferait les besoins des utilisateurs futurs dans des programmes nationaux. Six volontaires ont rejoint l'équipe FishBase à différentes périodes, Magnus Olsson Ringby de Suède, Sari Kuosmanen-Postila de Finlande, Analyn Palomares, Ilya Pauly et Henry Angeles de Manille, Anne Johanne Dalsgaard du Danemark, Shen-Chih Wang de Taiwan. Avec le début du projet de formation ACP (voir ci-dessus), le Coordonnateur de la Formation, Jan Michael Vakily, son assistante, Grâce T. Pablico, et l'administrateur Web, John Falcon ont rejoint l'équipe.
L'existence actuelle de FishBase n'aurait pu être assurée sans l'apport substantiel de collaborateurs à travers le monde (Fig. 2). Notamment, FishBase accueille des bases de données qui continuent d'être maintenues et mises à jour par les institutions qui collaborent, avec ou sans aide de l'équipe FishBase.
Les principales contributions sont :
Fig. 2. Les collaborateurs de FishBase par spécialité ; toutes les personnes représentées ici sont cités dans La table COLLABORATORS (ce volume).
Le nom des auteurs de ces contributions ainsi que de nombreux autres sont cités dans la table COLLABORATORS. Leur nom et/ou leurs publications appropriées sont liés à chaque enregistrement qu'ils ont fourni à FishBase.
Références
Bailly, N. 1997. Ichtyologie sur Internet. Bulletin de Liaison de la Société Française d'Ichtyologie. No. 2, June 1997.
Bisby, F. et P. Smith. 1996. Species 2000 : indexing the world's known species. Project Plan Version 3. 44 p.
Coppola, S.R., W. Fischer, L. Garibaldi, N. Scialabba et K.E. Carpenter. 1994. SPECIESDAB : Global species database for fishery purposes. User's Manual. FAO Computerized Information Series (Fisheries) No. 9. FAO, Rome. 103 p.
Crawford, S.S. 1997. Development of a global fish database. Environ. Biol. Fish. 50 : 231-234.
Daget, J., J.-P. Gosse, G.G. Teugels et D.F.E. Thys van den Audenaerde, Éditeurs. 1991. Checklist of the freshwater fishes of Africa (CLOFFA). Vol. IV. Institut Royal des Sciences Naturelles de Belgique, Bruxelles, Belgium, Musée Royal de l'Afrique Centrale, Tervuren, Belgium et Institut Français de Recherche Scientifique pour le Développement en Coopération ORSTOM, Paris. 740 p.
Eschmeyer, W.N. 1990. Catalog of the genera of recent fishes. California Academy of Sciences, San Francisco. 697 p.
Eschmeyer, W.N., Éditeur. 1998. Catalog of fishes. Special Publication, California Academy of Sciences, San Francisco. 3 vols. 2905 p.
Fischer, W., Éditeur. 1973. FAO species identification sheets for fishery purposes. Mediterranean and Black Sea (fishing area 37). FAO, Rome. pag. var.
Fischer, W. 1976. The FAO species identification sheets programme : a common task for ichthyologists and fishery workers. Rev. Trav. Pêches Marit. 40(3/4) : 568-569.
Francis, M.P. 1997. FishBase 96 CD-ROM, compilé par R. Froese et D. Pauly. New Zealand J. Mar. Freshwat. Res. 31 : 282-284.
Froese, R. 1988. The use of quadratic discriminant functions in connection with video-based measurements for identification of fish larvae. ICES C.M. 1988/L : 11 : 8 p.
Froese, R. 1989. Computer-aided approaches to identification. II. Numerical taxonomy. Fishbyte 7(3) : 25-28.
Froese, R. 1990. Moderne Methoden zur Bestimmung von Fischlarven. Universität Hamburg. Thèse de Doctorat. 260 p.
Froese, R. et D. Pauly. 1995. Un projet de la Commission Européenne analysée dans Nature. Bull. CE Coopération Pêche 8(3) : 5-7. [version anglaise disponible en p. 4-6 de la même série].
Froese, R. et C. Papasissi. 1990. The use of modern relational databases for identification of fish larvae. J. Appl. Ichthyol. 6 : 37-45.
Froese, R. et W. Schöfer 1987. Computer-aided identification of fish larvae. ICES C.M. 1987/L : 23 : 10 p.
Froese, R., F.C. Gayanilo, Jr. et M.L. Soriano. 1988. ICLARM fish database project : report I. ICLARM FishBase Project Document No. 1, December 1988 : 160 p.
Froese, R., W. Schöfer, A. Röpke et D. Schnack. 1989. Computer-aided approaches to identification of aquatic organisms : the use of Expert Systems. Fishbyte 7(2) : 18-19.
Froese, R., I. Achenbach et C. Papasissi. 1990a. Computer-aided approaches to identification. III. (Conclusion). Modern databases. Fishbyte 8(2) : 25-27.
Froese, R., K.-G. Barthel, W. Welsch, M. Rölke, C. Schubert, B. Hermann, S. Mees, D. Schnack et J. Lenz. 1990b. Development of an underwater video system for recording of ichthyoplankton and zooplankton. ICES C.M.1990/L : 90 : 5 p.
Houde, E.D. et C.E. Zastrow. 1993. Ecosystem- and taxon-specific dynamic and energetics properties of fish larvae assemblages. Bull. Mar. Sci. 53(2) : 290-335.
Hureau, J.C. 1991. La base de données GICIM. Gestion informatisée des collections ichtyologiques du Muséum, p. 225-227. In Atlas Preliminaire des poissons d'eaux douce de France. Conseil Supérieur de la Pêche, Ministère de l'Environment, CEMAGREF et Muséum National d'Histoire Naturelle, Paris.
ICLARM. 1988. ICLARM five-year plan (1988-1992). International Center for Living Aquatic Resources Management, Manila, Philippines. 114 p.
IGFA. 1994. IGFA world records. International Game Fish Association, Pompano Beach, Florida. 40 p.
IUCN. 1996. 1996 IUCN red list of threatened animals. IUCN, Gland, Switzerland.
Matsuura, K. 1995. FishBase : a biological database on Fish. Japan. J. Ichthyol. 42(3/4) : 342-343.
McCall, R.A. et R.M. May. 1995. More than a seafood platter. Nature 376(6543) : 735.
Pauly, D. et R. Froese. 1992. FishBase, base de datos computarizada sobre los peces : uso potencial para América Latina. Jaina 3(4) : 11-13.
Robins, C.R., R.M. Bailey, C.E. Bond, J.R. Brooker, E.A. Lachner, R.N. Lea et W.B. Scott. 1980. A list of common and scientific names of fishes from the United States and Canada. Am. Fish. Soc. Spec. Publ. 12, 174 p.
Robins, C.R., R.M. Bailey, C.E. Bond, J.R. Brooker, E.A. Lachner, R.N. Lea et W.B. Scott. 1991a. Common and scientific names of fishes from the United States and Canada. Am. Fish. Soc. Spec. Publ. 20, 183 p.
Robins, C.R., R.M. Bailey, C.E. Bond, J.R. Brooker, E.A. Lachner, R.N. Lea et W.B. Scott. 1991b. Common and scientific names of fishes from the United States and Canada. Am. Fish. Soc. Spec. Publ. 20, 243 p.
Rowell, T.W. 1997. Book reviews FishBase 96 : concepts, design and data sources. R. Froese et D. Pauly (éds.), ICLARM, Manila, 1996, 179 pp. Aquaculture 154(1) : 87-91.
Thurston, R.V. et P.C. Gehrke. 1993. Respiratory oxygen requirements of fishes : description of OXYREF, a data file based on test results reported in the published literature, p. 95-108. In R.C. Russo et R.V. Thurston (éds.) Fish physiology, toxicology, and water quality management. Proceedings of an International Symposium, Sacramento, California, USA, 18-19 September 1990. US Environmental Protection Agency, USA.
Turner, G.F. 1997. Book review FishBase 96 : concepts, design and data sources. R. Froese et D. Pauly (éds.), ICLARM, Manila. Rev. Fish Biol. Fish. 7(3) : 374-375.
Vakily, J.M., R. Froese, M.L.D. Palomares et D. Pauly. 1997a. European Union supports project to strengthen fisheries and biodiversity management in African, Caribbean, and Pacific (ACP) countries. Naga, the ICLARM Q. 20(1) : 4-7.
Vakily, J.M., R. Froese, M.L.D. Palomares et D. Pauly. 1997b. La gestion de la pêche et de la biodiversité les pays ACP peuvent-ils relever le défi ? Bull. CE Coopération Pêche 10(1) : 6-8. [version anglaise disponible en p. 4-6 de la même série].
Welcomme, R.L., Compileur. 1988. International introductions of inland aquatic species. FAO Fish. Tech. Pap. No. 294, 318 p.
Wootton, R.J. 1997. Review of FishBase 96. J. Fish Biol. 50(3) : 684-685.
Les multiples retombées d'un grand projet tel que FishBase sont à partager entre tous ses collaborateurs, et FishBase a été conçue pour rendre explicite le rôle joué par chaque collaborateur.
Par exemple, les chapitres de ce document sont écrits par les membres de l'équipe FishBase et les collaborateurs qui ont travaillé sur les tables, les concepts et/ou les données correspondants. Les références de chaque travail d'où proviennent les informations sont citées dans la base de données, et les noms des collaborateurs sont associés à tous les enregistrements quils ont fournis ou corrigés.
De plus, trois procédés explicites existent dans FishBase pour citer les collaborateurs :
En outre, les domaines de compétences, l'affiliation, l'adresse et la photographie (si elle est fournie) des collaborateurs sont dans la table COLLABORATORS, ce qui permet aux utilisateurs de FishBase de contacter directement les experts auteurs des tables et des enregistrements.
En plus des points mentionnés ci-dessus, nous travaillons sur un concept de coordonnateur pour certaines thématiques comme les familles taxinomiques (voir Encadré 1), les écosystèmes par pays (voir Encadré 7), et des sujets spéciaux comme la taille du cerveau ou le mode de nage. Le nom des coordonnateurs sera spécifié dans les en-têtes des tableaux et des impressions correspondants, par exemple, Coordonné par _____. Nous explorons encore ce concept et nous vous invitons à nous envoyer vos commentaires.
Nous pensons que les collègues qui opteront de collaborer avec nous, par exemple pour incorporer leurs travaux dans FishBase, en tireront bénéfice car :
Les chapitres de ce volume dédiés aux diverses tables suggèrent comment nous prévoyons de les améliorer et détendre leur portée, et donc FishBase dans son ensemble. Si vous souhaitez devenir un de nos collaborateurs, veuillez nous contacter à :
The FishBase Project, ICLARM,
MCPO Box 2631, 0718 Makati City,
Philippines (adresse valable jusqu'à fin 1999),
ou envoyer un courrier éléctronique à :
fishbase@cgiar.org ou pauly@fisheries.com
Encadré 1. Une offre aux
taxinomistes. Suivre le statut de 25 000 espèces in fine dans 470 familles ne peut être réalisé par l'équipe FishBase seule. Ainsi, nous aimerions que les taxinomistes se proposent comme Coordonnateur Taxinomique dans FishBase pour leurs groupes de compétence, d'une façon semblable à l'approche utilisée dans les grands catalogues tels que le CLOFFA (Daget et al. 1984), le CLOFETA (Quéro et al. 1990) ou le Smiths' sea fishes (1986). Nous sommes conscients que les taxinomistes sont déjà surchargés de nombreuses tâches et ne sont pas enclins à accepter une responsabilité supplémentaire. Nous avons donc beaucoup réfléchi à ce que nous pourrions offrir en échange pour rendre une telle collaboration plus attirante. À chaque Coordonnateur Taxinomique, nous proposons :
Chaque enregistrement fourni, modifié ou vérifié
par le coordonnateur sera référencé à son nom. |
Références
Eschmeyer, W.N., Éditeur. 1998. Catalog of fishes. Special Publication, California Academy of Sciences, San Francisco. 3 vols. 2905 p.
Houde, E.D. et C.E. Zastrow. 1993. Ecosystem- and taxon-specific dynamic and energetics properties of fish larvae assemblages. Bull. Mar. Sci. 53(2) : 290-335.
Welcomme, R., Compileur. 1988. International introductions of inland aquatic species. FAO Fish. Tech. Pap. No. 294, 318 p.
Daniel Pauly
FishBase étant conçue comme une base de données scientifique, un soin extrême a été consacré à l'identification de la source des informations saisies, à la fois pour citer correctement les auteurs originaux et pour autoriser des contrôles ultérieurs (en vérifiant les documents dont sont issues les informations).
Cette approche n'est pas appliquée strictement, car il y a des cas où des enregistrements de FishBase contiennent des précisions qui ne sont pas exprimées dans la publication source, comme c'est le cas par exemple des signalements extraits des fichiers d'une campagne de chalutage démersal consignée dans un rapport sommaire qui ne comprend pas les données.
Cependant le principe demeure, et il a une conséquence importante : les données non publiées ne peuvent pas être saisies dans FishBase.
D'autre part, les tables de FishBase ont été conçues pour servir de masque pour la collecte de plusieurs types d'informations. Ainsi par exemple, la table qui documente les rapports taille-poids (voir La table LENGTH-WEIGHT , ce volume) est aussi prévue pour contenir les types d'informations qui devraient être dans les publications sur ces relations.
Par conséquent, nous avons encouragé la rédaction et la soumission dans la section Fishbyte de Naga, the ICLARM Quarterly de manuscrits qui suivaient ce format, ce qui a permis de publier un grand nombre d'enregistrements de la table en question (voir Torres 1991 ; Kulbicki et al. 1993).
Nous avons aussi un accord avec le Journal of Applied Ichthyology pour soumettre dans la section réservée aux courtes notes des articles dans un format standardisé équivalent à celui des tables de FishBase (par exemple, Froese 1998). Ceci permet de publier dans la littérature soumise à arbitrage des caractéristiques des poissons qui sont souvent simples à décrire, mais qui sont généralement négligées bien qu'essentielles pour des analyses comparatives ou sophistiquées (par exemple les rapports taille/poids, les paramètres de croissance, la prise de nourriture et le régime alimentaire, les caractéristiques de reproduction, etc.).
Nous croyons que de telles notes, courtes et standardisées, deviendront une section très appréciée des analyses scientifiques, comme c'est le cas dans les analyses de chimie pour la description de composés nouveaux. Veuillez contacter l'équipe FishBase si vous avez des manuscrits correspondants.
Références
Froese, R. 1998. Length-weight relationships for 18 less-studied fish species. J. Appl. Ichthyol. 14 : 117-118.
Kulbicki, M., G. Mou Tham, P. Thollot et L. Wantiez. 1993. Length-weight relationships of fish from the lagoon of New Caledonia. Naga, ICLARM Q. 16(2-3) : 26-29.
Torres, F., Jr. 1991. Tabular data on marine fishes from Southern Africa. II. Growth parameters. Fishbyte 9(2) : 37-38.
Daniel Pauly
La nécessité de communiquer et de rendre disponibles les informations dans FishBase à des utilisateurs non anglophones a incité l'équipe FishBase à réflechir à la traduction du CD-ROM FishBase, au moins pour les langues principales de la zone ACP (Afrique, Caraïbes, Pacifique ; voir le Projet ACP, ce volume). Ceci exige une approche qui permette des mises à jour annuelles des versions traduites tout en diminuant la durée habituelle de ce genre de processus. Avec le développement des logiciels de traduction, une telle approche est possible, bien qu'un texte traduit automatiquement doive être revu et corrigé par un correcteur dont c'est la langue maternelle.
Le succès des traductions automatiques dépend surtout de la disponibilité de dictionnaires spécialisés. Pour les thématiques à large audience comme la chimie ou le droit, des dictionnaires sont disponibles dans le commerce pour les logiciels de traduction automatique, mais pas pour des sujets aussi spécifiques que l'ichtyologie, la pêche ou l'aquaculture. La réalisation d'un dictionnaire spécifique est un processus fastidieux qui exige une solide maîtrise de la langue.
Ce processus est rendu plus ardu par l'utilisation d'expressions idiomatiques, peu familières, ou de syntaxes maladroites dans la version originale du texte, en anglais dans le cas de FishBase. Donc, une stratégie de traduction commence nécessairement par une standardisation de cette version originale, par exemple en utilisant les correcteurs orthographiques et grammaticaux de l'environnement Windows.
Traduire les structures et le contenu d'une base de données relationnelle telle que FishBase peut sembler facile parce que la structure implique un seul effort de traduction initial (à condition qu'elle ne soit pas trop modifiée au fil des versions successives) et parce que la plupart des entrées sont numériques ou à choisir dans des listes préétablies. Cependant, les champs texte et mémo exigent un effort considérable à la fois pour la standardisation de l'anglais et pour la traduction de la terminologie spécifique.
En tenant compte de tous ces aspects, une stratégie a été établie pour traduire le CD-ROM FishBase en français (comme première tentative), avec comme objectif final de disposer :
Cette stratégie consiste en quatre phases, chacune aboutissant à un produit spécifique.
La phase 1 consiste en une traduction des termes et des définitions de la table GLOSSARY ; et en une traduction du manuel de FishBase 98.
Elle conduira à une extension du dictionnaire traitant de l'aquaculture qui avait été créé par Mlle Catherine Lhomme-Binudin pour produire des actes bilingues (français/anglais) du Troisième Symposium International sur les Tilapia en Aquaculture (Pullin et al. 1996a, 1996b), grâce au logiciel Power Translator Professional v. 5.0 (Globalink 1994).
À partir de ce dictionnaire, nous avons réalisé une première traduction des quelque 2 500 termes de la table GLOSSARY en utilisant Power Translator 6.0 (Globalink 1996). Les mots et les expressions absents du dictionnaire de Mlle Lhomme-Binudin ont ainsi été repérés, et leur traduction française a alors été recherchée dans les ouvrages suivants : Golvan (1965) ; Ministère des Approvisionnements et Services du Canada (1978) ; Lindberg et al. (1980) ; ITZN (1985) ; Mansion (1985/1987) ; Parlement Européen (1986) ; Sokolov (1989) ; Negedly (1990) ; Marx (1991) ; Banks et al. (1994) ; OECD (1995) ; Jennings (1996a, 1996b) ; et autres. Ces termes français ont été entrés dans la table GLOSSARY et dans le dictionnaire, augmentant ainsi la capacité de traduction des termes liés à l'ichtyologie, la pêche, l'aquaculture et la génétique.
Les définitions des termes dans la table GLOSSARY ont été ensuite standardisées lors de l'étape suivante. Elle a été réalisée grâce : (1) au correcteur orthographique additionnel de Microsoft Access ; et (2) au correcteur mixte orthographique et grammatical de Microsoft Office Word. Elle a permis de s'assurer que les définitions étaient directes, simples et exemptes de syntaxe maladroite. Tous les termes ont été revus sauf ceux extraits de ITNZ (1985) qui propose des traductions françaises des termes taxinomiques et de leurs définitions. Une fois standardisé, le texte a été traduit par le logiciel avec le dictionnaire amélioré. Ce processus a de nouveau mis en évidence les termes et les expressions sans traduction. Les équivalents français pour ces termes ont été recherchés puis entrés dans le dictionnaire.
La traduction électronique du texte libre en français, préparée par Maria Lourdes D. Palomares, a été analysée par Nicolas Bailly, puis par d'autres collaborateurs du Muséum National d'Histoire Naturelle (MNHN) (Jean-Claude Hureau et Yves Fermon), ainsi que par Daniel Pauly.
La mise au point du dictionnaire selon le cycle d'améliorations décrit ci-dessus a été appliquée à partir de la traduction du manuel FishBase 98 et le sera aux traductions futures dans les autres langues (voir Encadré 2).
De plus, toutes les phrases appariées anglais/français sont enregistrées dans la base de données gérées par un autre logiciel de traduction, Translator's Workbench (Trados 1994-1996). Cette base de données a été employée dans les traductions ultérieures du manuel FishBase 98.
La phase 2, prévue pour FishBase 2 000, est destinée à fournir des traductions françaises des bases de données utilisateur de FishBase, FishWatcher, National Checklist et Local Knowledge et leurs impressions respectives. Le système d'aide en ligne de FishBase sera aussi disponible en français.
La phase 3 est destinée à fournir des traductions des menus et des tables principales, par exemple SPECIES, STOCKS, et BIOLOGY. Elle pourrait inclure la traduction des données texte, ce qui reste une lourde tâche.
Finalement, la phase 4 vise à réaliser une version française complète du CD-ROM de FishBase.
Aucun des membres de l'équipe FishBase n'est originellement une/un anglophone. Ils ont tous dû apprendre l'anglais à un moment quelconque de leur vie. Aussi comprennent-ils par expérience personnelle la difficulté d'être confrontés avec une documentation anglaise que l'on ne comprend pas. Nous espérons que les traductions de FishBase aideront à vaincre cette barrière linguistique de la même façon que FishBase aide à vaincre les barrières disciplinaires dans le monde de l'ichtyologie et de la pêche.
Si vous souhaitez participer à la traduction de FishBase dans d'autres langues, n'hésitez pas à nous le faire savoir. Nous vous fournirons la table GLOSSARY, les fichiers texte du manuel et le logiciel de traduction approprié, s'il existe.
Encadré 2. Version portugaise de
FishBase. Une excellente traduction en portugais
du manuel FishBase 96 par l'équipe du Professeur Luis
Saldanha de l'Instituto do Laboratorio Biologia da
Maritima Guía à Cascais au Portugal, est maintenant
disponible pour les pays lusophones. FishBase a une
couverture complète des poissons marins des eaux du
Portugal, de la Guinée Bissau, des Îles du Cap Vert, de
l'Angola et du Mozambique. La couverture est presque
complète pour les poissons d'eau douce du Portugal et de
la plupart des pays lusophones d'Afrique. |
Références
Banks, D., J.-L. Julienne, J.-F. Raoult, A. Tsedri, J. Prod'Homme et F. Cabane. 1994. Lexique anglais-français du thesaurus ASFIS et index français-anglais. Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer, IFREMER et Equipe de recherche lexicale appliquée, Editions de l'IFREMER, Brest, France, 208 p.
Globalink, Inc. 1994. Power Translator Professional for Windows. User's Guide. Globalink, Inc., USA. 100 p.
Globalink, Inc. 1996. Power Translator. User's Guide. Globalink, Inc. USA. 168 p.
Golvan, J.-Y. 1965. Catalogue systématique des noms de genres de poissons actuels de la Xe édition du Systema naturae de Charles Linné jusqu'à la fin de l'année 1959. Masson et Compagnie, Paris. 227 p.
ITZN. 1985. International code of zoological nomenclature. Troisième édition. International Trust for Zoological Nomenclature, in association with the British Museum of Natural History, London and the University of California Press. Berkeley and Los Angeles. 338 p.
Jennings, G.H. 1996a. European freshwater fishes. A fifteen language reference index. Calypso Publication, London. 77 p.
Jennings, G.H. 1996b. Mediterranean fishes. A dodecalingual index of 409 species. Calypso Publications, London. pag. var.
Lindberg, G.U., A.S. Heard et T.S. Rass. 1980. Multilingual dictionary of names of marine food fishes of world fauna. Academy of Sciences of the USSR, Zoological Institute, Scientific Council on the Problems of Hydrobiology, Ichthyology and Exploitation of Biological Resources of Waterbodies, Ministry of Fisheries of the USSR, Ichthyological Commission. 563 p.
Mansion, J.E. 1985/1987. Harrap's new standard French and English dictionary. Vol. 3 L-Z, Vol. 4 L-Z. Harrap, London. pag. var. [Revisé et édité par D.M. Ledésert et R.P.L. Ledésert]
Marx, C.E., Compileur. 1991. Elsevier's dictionary of aquaculture in six languages, English, French, Spanish, German, Italian and Latin. Elsevier, Amsterdam. 454 p.
Ministère des Approvisionnements et Services Canada. 1978. Ichtyologie. Bulletin de Terminologie 161. Direction General de la Terminologie et de la Documentation. Bureau des Traductions. Approvisionnements et Services Canada. 351 p.
Negedly, R., Compileur. 1990. Elsevier's dictionary of fishery, processing, fish and shellfish names of the world in five languages, English, French, Spanish, German and Latin. Elsevier, Amsterdam. 623 p.
Organization for Economic Cooperation and Development (OECD). 1995. Multilingual dictionary of fish and fish products. Fourth edition. Fishing News Books, Oxford, England. 352 p.
Parlement Européen. (Troisième édition). 1986. Terminologie du secteur de la pêche. Direction de la traduction et de la terminologie. Bureau de terminologie PE 48.787/Rév. Troisième édition. 89 p. + annexes.
Pullin, R.S.V., J. Lazard, M. Legendre, J.B. Amon-Kothias et D. Pauly, Éditeurs. 1996a. Translated from the French by C. Lhomme-Binudin. The Third International Symposium on Tilapia in Aquaculture. ICLARM Conf. Proc. No. 41, 575 p. Manila.
Pullin, R.S.V., J. Lazard, M. Legendre, J.B. Amon-Kothias, et D. Pauly, Éditeurs. 1996b. Traduit du l'anglais par C. Lhomme-Binudin. Le troisième symposium international sur le tilapia en aquaculture. ICLARM Conf. Proc. No. 41, 630 p. Manila.
Sokolov, V.E. 1989. Dictionary of animal names in five languages. Fishes. Russky Yazyk Publishers, Moscow. 733 p.
Trados. 1994-1996. Trados Translator's Workbench for Windows. User's Guide. Trados GmbH, Stuttgart, Germany. 175 p.
Maria Lourdes D. Palomares
Quand le Professeur Avril s'est assis pour la première fois devant FishBase, il a décidé de rechercher des informations sur un groupe de killis sud-américains, et après un bref regard sur la liste des espèces, il a averti l'équipe FishBase, abasourdie, que « les noms étaient tous faux ». Quand nous avons approfondi la question et demandé ses références bibliographiques, il est apparu que Mlle Mai, une étudiante du Professeur Avril, avait récemment soutenu une thèse qui modifiait fortement la taxinomie de ce groupe et était en désaccord en grande partie avec une révision antérieure dont étaient extraites les informations entrées dans FishBase.
Bien que les noms de cette histoire soient fictifs (mais l'histoire elle est réelle), elle servira à illustrer plusieurs questions relatives à la qualité des informations dans FishBase. La plupart des utilisateurs qui consultent FishBase pour la première fois, et malheureusement quelques-uns de ceux qui ont tiré de ces expériences des analyses de FishBase publiées dans des périodiques scientifiques (voir La Réalisation de FishBase , ce volume), ont tendance à rechercher les espèces qu'ils connaissent le mieux. Qu'ils découvrent qu'ils ont plus de connaissances que FishBase n'a rien de surprenant, comme pour n'importe quelle encyclopédie. Mais au contraire d'une encyclopédie imprimée, ils peuvent envoyer le tiré à part pertinent à l'équipe. Ils verront alors dans la mise à jour annuelle suivante (et plus rapidement dans la version Internet) leurs espèces correctement traitées ainsi que leur nom dans la liste des spécialistes ayant contribué à l'amélioration de FishBase. Néanmoins, même sans cela, ils trouveront fréquemment une information nouvelle pour eux sur les 10 espèces qu'ils connaissent le mieux. Et bien sûr, ils trouveront aussi des informations sur les milliers d'autres espèces qu'ils connaissent moins bien.
Dans le cas du Professeur Avril, la situation était plus complexe, car la thèse de Mlle Mai, non publiée, n'avait pas été soumise à la critique d'autres taxinomistes qui ont pu alors décider d'ignorer le ré-arrangement taxinomique proposé. Il ne faut pas comprendre cette histoire comme une tentative de diminuer l'importance des bogues, des données manquantes et des erreurs dans FishBase, mais plutôt comme une présentation de la manière dont nous nous proposons de les traiter.
Un travail de cette envergure et de cette complexité comprendra inévitablement des erreurs et des contradictions. Quatre types fondamentaux de problèmes devraient être rencontrés par les utilisateurs de FishBase, par ordre décroissant :
i) des champs vides, bien que les informations existent ;
ii) des entrées erronées, soit des entrées qui ne correspondent pas à celles de la référence citée, soit des entrées qui reproduisent une erreur manifeste dans la référence citée ;
iii) des bogues, c'est-à-dire, des procédures qui n'exécutent pas les fonctions pour lesquelles elles ont été programmées (Myers 1979 ; Bruce 1980 ; Ozkarahan 1990 ; Pfleeger 1992) ; et
iv) des tables dont ils souhaiteraient une conception différente.
Pour traiter le point (iv) en premier lieu, nous vous proposons de lire l'historique de la table en question ; si vous pensez encore qu'elle mériterait une autre conception, contactez-nous et faites-nous savoir vos raisons et les données qui les confortent ; nous ajusterons très probablement la table pour l'adapter parfaitement aux données.
Les champs vides (i) sont des problèmes , et nous faisons de notre mieux pour renseigner autant de champs pour autant d'espèces que possible. Cependant, l'information souhaitée n'est peut-être pas publiée, ou ne nous est pas accessible, ou bien nous n'avons pas encore eu le temps d'analyser complètement une publication. Veuillez nous envoyer toute publication qui vous semblerait utile pour remplir un champ ou une table qui serait restée vide autrement (voir Comment Devenir Collaborateur de FishBase et Pourquoi , ce volume). Les collaborateurs qui souhaitent que nous nous concentrions sur les espèces d'un pays, d'une région ou concernés par un projet particulier sont invités à nous apporter une aide financière même modeste (comme le Mexique, la Colombie Britannique, l'Alaska, l'Australie et le MRAG qui l'ont déjà fait, ou comme la Nouvelle-Zélande et le Secrétariat du Mékong qui en étudient la possibilité), ou une aide en personnel à Manille (comme l'ont fait Taïwan et, indirectement, le Danemark, la Hollande et la Finlande).
FishBase est différente de nombreuses autres bases de données, surtout celles créées individuellement par des chercheurs, car elle est largement accessible. Ceci implique que les erreurs du point (ii) ci-dessus seront soumises à la critique d'un grand nombre d'utilisateurs. Certains peuvent se moquer, et présenter comme inaccessible notre tentative de regrouper des informations-clés fiables sur toutes les espèces de poissons du monde (par exemple, Turner 1997). Les autres utilisateurs - et nous espérons qu'ils seront les plus nombreux - nous enverront un courrier électronique ou une lettre pour signaler nos erreurs (ou celles de nos sources), et proposeront des données et/ou des sources alternatives. Si cela se déroule ainsi, la plupart des erreurs de ce type (ii) seront corrigées dans les versions ultérieures de FishBase.
Le type de problèmes (iii) que les utilisateurs de FishBase peuvent rencontrer constitue les vrais bogues de notre titre, au sens informatique. La procédure pas à pas conduite par M.L.D. Palomares pour réduire le nombre des bogues à un minimum est la suivante :
a) Pour toutes les tables, vérifier :
b) Pour tous les champs d'une table, vérifier que :
c) Pour toutes les procédures, vérifier que :
La liste complète des bogues révélés par ce processus annuel est confiée aux personnes responsable des tables en question et à la responsable informatique Ma. J. France Rius pour FishBase 99. Enfin, la dernière étape consiste à :
d) Vérifier que toutes les bogues trouvées de (a) à (c) ont été corrigées.
Le volume important de FishBase nous empêche de garantir que cette procédure a révélé toutes les erreurs. Cependant, nous garantissons que nous corrigerons celles que vous porterez à notre attention.
Remerciements
Nous remercions tous les utilisateurs de FishBase, passés (et futurs) qui ont contribué (ou contribueront) à rendre FishBase exempt de bogues, de données manquantes et d'erreurs autant qu'il est possible.
Références
Bruce, R.C. 1980. Software debugging for microcomputers. Reston Publishing Company, Inc. Reston, Virginia, USA. 351 p.
Myers, G.J. 1979. The art of software testing. John Wiley & Sons, Inc., New York. 177 p.
Ozkarahan, E. 1990. Database management : concepts, design, and practice. Prentice-Hall International, Inc., New Jersey, USA. 560 p.
Pfleeger, S.L. 1992. Software engineering : the production quality of software. 2nd ed. St. Martin Publications, Quezon City, Philippines. 517 p.
Turner, G. 1997. Book reviews : FishBase 96 : concepts, design and data sources. Rev. Fish Biol. Fish. 7(3) : 374-375.
Maria Lourdes D. Palomares, Rainer Froese et Daniel Pauly